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黑客帝国3结局先知与造物主的对话是啥意思？
删除病毒的其实是Neo
the one(也就是Neo)具有一定程度控制所处环境的能力，他身处母体二十几年，所以简单训练就可以控制系统中守卫者的子弹（第一部），之后可以更自由地控制。在现实中与母体斗争了几年，所以可以控制乌贼（第三部），先知被感染后，Neo为了锡安的和平与母体谈判，消除病毒（原史密斯），然而在明知打不过的情况下，选择了被感染，这时的Neo所处的是病毒的环境中，所以有控制病毒的能力，他给出的程序指令是：消灭病毒。所以说消灭病毒的是Neo，先知因为病毒的消失而恢复，所以先知是存在的，并没有死。
先知可以探知世界是因为她可以随时接触“进入”母体的人，从而进行人工智能的数据判断。
造物主就不一样了：造物主是最早的人工智能程序，那么就应该知道一点：人工智能是可以实现自我进化的，进化到一定程度的人工智能，可以自我编程，由软件控制硬件，产生自己的眼睛（镜头）、耳朵（话筒）......以此类推，逐渐自我完善（全息化，感知化），逐渐自我升级（可能是“造物主2.0”一类的），逐渐使自我强大起来（“母体”的成型）。实现了软件健全硬件，硬件反过来为软件提供条件的进化过程。或许是因为通过自己的计算得出了“人类的存在必然毁灭地球”的结论（参见《终结者》中的“天网程序”和《我，机器人》中的“V.I.K.I.”），所以产生了“消灭人类”、“囚禁人类”或“控制人类”的计划，从而与人类进行斗争，最后形成了“母体”的硬件、“造物主”的软件、以及不可消除的参数——the one。又通过the one的存在来对自己进行“格式化”以消除自身不可消除的BUG。这就是《黑客帝国》的大背景。然而第N代the one的Neo（具体是第几代我记不太清了），打破了人工智能自己创造出的平衡，这便是第二部的结局与第三步开端的背景，同时造物主还可以创造出不同的人工智能，比如先知、法国人、小女孩等等，只是没有控制硬件的权限。
具体先知和造物主所述内容的意义，我尚未参悟透，或许就是所谓的“因果”与“轮回”吧
黑客帝国3墨菲斯和奈奥比最后对话
Morpheus:You did it.
Niobe：No,we did it.
Morpheus:You're a hell of a pilot.
Niobe：Some things in this world never change.
Morpheus:But some things do?
Niobe：Luckily,some things do.
墨菲斯：你成功了。
奈奥比：不，是我们成功了。
墨菲斯：你是最棒的驾驶员。
奈奥比：这个世上有些事是永恒不变的。
墨菲斯：但有些事会改变？
奈奥比：还好，有些事会改变。
《黑客帝国3》结尾
尼奥选择让史密斯感染自己，在复制过程中矩阵掌握了史密斯的代码，最后才得以将他们两个同时删除，使矩阵回到了平衡。
关于Matrix
Matrix是一个建立在数学基础上的严整系统，一切都是有规律的，包括特工们和尼奥的超能力在内，都是包含在这个系统中的。而尼奥这个“救世主”的产生，则和数学中的哥德尔命题有关。奥地利数学家哥德尔在1931年发表了题为《论数学原理及有关系统的形式不可判定命题》的论文，其中提出这样一个观点，在任何数学系统中，只要其能包含整数的算术，这个系统的相容性就不可能通过几个基础学派所采用的逻辑原理建立。简单地说，就是在任何系统中，总有些真理是游离于逻辑之外的，这些真理就叫做歌德尔命题。
在Matrix中，尼奥就是在Matrix这个严整系统中不能被数学推得的歌德尔命题，不符合系统的规律。（建筑师对尼奥的谈话中涉及部分）当尼奥重生后，他就担负起系统所有的扰动，所有的规则在他面前都变得透明，因此他能够看到系统中别人所看不到的东西。先知叫尼奥回到源头去终止灾难，在数学逻辑中就是将歌德尔命题变成整个系统的一部分，当作系统的一个变量，从而消除整个系统的不确定性。如果尼奥当初选择了毁灭锡安的门，他所携带的代码将反馈给系统，将系统的稳定性提高到一个新阶段。而这个选择的前提则是系统中没有斯密斯这个狂人。但从数学的角度上来说，这样的稳定也是暂时的，不是对系统的彻底修正，新的系统还是会产生自己的歌德尔命题，从而继续这个轮回。这就是为什么在尼奥之前会有六任救世主的原因。
按照建筑师最初编写救世主时的任务，救世主的使命就是在锡安运行一段时间后，将锡安的代码带回到Matrix的源程序进行重装，同时机器摧毁锡安，完成Matrix系统的升级。之后救世主将按照初始设置，带领16女7男返回真实世界，再开始重建锡安，等待下一代的救世主。而尼奥与前任们不同的是，建筑师在他的意识中编写了关于爱的编码，这本来是系统处于不断升级的需要，也是考察人类反应的新实验。但这个关于爱的编码，不但导致了尼奥在第二集中做出违背程序设置的选择，而且在第三集中将“爱情”升华为“博爱”，从而最后终结了战争，终止了矩阵和锡安之间的循环。
特工史密斯
电影中的特工史密斯实际上就是矩阵这个程序世界中的杀毒程序，他们在矩阵中是没有身体的，由于他们是杀毒程序，所以他们被矩阵赋予了超越常人的能力。在矩阵中他们具有改写人类角色程序的能力，所以可以不断借用他人身体。
（史密斯和尼奥、莫非斯打斗场景）
尼奥最后可以战胜特工，实际上是因为他复活后具有了识别矩阵代码的能力，并可以轻松改写这些代码，所以特工就不能再利用超能力战胜他了。
（尼奥复活后场景）
特工史密斯被尼奥消灭后，因为在他被尼奥消灭前明明是他先杀死了尼奥，所以这就导致了一个逻辑错误。因为这种程序上的逻辑运算错误，导致了特工史密斯不但拒绝被系统删除，而且由杀毒程序变成了病毒，最后危害到了整个矩阵世界。
因为这个逻辑错误是由尼奥导致的，所以特工史密斯就变成了和尼奥相对的负极。最后尼奥选择了让史密斯感染自己，在复制过程中矩阵掌握了史密斯的代码，最后才得以将他们两个同时删除，使矩阵回到了平衡。
《黑客帝国》3最后史密斯对尼欧说的话什么意思
以下是个人理解，属于一家之言
记得史密斯去先知家里的情形么？
先知问史密斯：你把莎迪怎么了？
其中一个史密斯就模仿莎迪的语气说了之前莎迪说过的话
这里其实是史密斯想告诉先知，说话的这个人之前就是莎迪，只不过现在被复制了（或者说感染了）
现在回到宿命对决的结尾：
史密斯说自己曾经预见过这一幕，尼奥在那里，然后自己站在这里，是的，这里，然后自己要说些什么呢？“凡事只要有开始就会有结束”（注意，这话之前是先知原创的），史密斯说完这话也觉得不对劲。
所以我认为和尼奥对决的那个史密斯就是被感染的先知。她虽然被史密斯复制了，让史密斯拥有自己的能力（预言），但同时先知并不是一个普通的程序，她依然能够在被史密斯控制的情况下反过来影响史密斯，让史密斯去复制尼奥而不是杀死尼奥，这样一来，机器领袖就能够以被复制的尼奥为媒介去删除史密斯这个失控的程序。
完了，个人见解，仅供嘲笑，不供参考……