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《黑客帝国》中的“锡安”为什么进行轮回？
以下是自己的思考，没有楼上那么复杂。
救世主，也就是尼欧，是因为机器帝国创造母体时不得不产生的一个超级用户（或者说是编写错误），机器帝国旗下的母体没有办法删除以及阻止救世主的产生，于是母体内的造物者和先知做了一个决定。
先知引导救世主，然后当机器帝国尝试了多种黑客方法后（例如第一集入侵船长脑袋获取密码等等），终于使用了“暴力破解方式（DDoS）”进攻锡安。然后在锡安必毁，人类必定灭亡的情况下，由造物者和救世主做一个交易。机器帝国毁灭锡安，但是救世主可以选几个男女重建锡安，保证人类种子不会毁灭，而救世主返回源代码，母体重启。
这样既保证了救世主不会因为超级用户的权利过大而影响机器帝国，毕竟母体的存在只是为了“麦田”能够正常运转，机器帝国可以继续和平地控制“麦田”。一直以来机器帝国以及母体的造物者都满足于这种轮回方式。
直到了尼欧这一代，先知与造物者产生分歧，先知不想再进行这样的轮回，于是引导了尼欧进行不同于以往的责任。并且以自身作为赌注，让失控的斯密斯吸收自己，导致斯密斯成长为连机器帝国也控制不了，甚至能够对机器帝国产生威胁的超级AI程序，最终导致机器帝国不得不与尼欧妥协：尼欧让斯密斯入侵，从而让机器帝国知道斯密斯的代码而可以删除斯密斯，而机器帝国则要放过锡安。
从此机器帝国和锡安进入一段不同以往的关系。
关于尼欧的后期的超能力，我是这样理解的。
尼欧作为母体内产生的超级用户，拥有控制母体参数的能力。其他人例如墨菲斯等人，只能通过一定的黑客能力对母体进行一定修改，力气更大，速度更快，神经反射更快等等。但是尼欧可以直接更改母体参数，例如重力参数，冲撞参数等等，产生母体运行后类似超人的效果。
而到后期，尼欧成长为可以通过脑电波控制“乌贼”死机，权限已经由母体内转到真实世界的机器帝国。瞎了以后，他确实是看不到东西的，但是可以感应到和程序有关的代码。
《黑客帝国》有点故意将剧情设置成一种玄之又玄的关系，可能每个人都有不同的理解并且奉为真理，其实只要自己觉得剧情说得通就好了，没必要太过认真计较。不可否认这是一部好电影，因为它引起了人们的对剧情的争论。
黑客帝国里锡安的人为什么要反抗
剧情漏看了吧，当时出动了两艘船去搜索墨菲斯的船，一共有三艘流落在外，其馀，基地里的所有船，都被史密斯同化的那个家伙破坏了，锡安内并没有可以释放电磁波的船。
又因为这东西敌我无差别攻击，在基地内使用就会使所有的机器失灵，包括空气处理装置等，所以基地内部并没有电磁波发射装置。
综上所诉，锡安抵抗乌贼进攻的时候，压根就没有电磁波可放。
黑客帝国造物主为什么要反复重建锡安
这个世界崩溃过很多次，锡安被毁灭过很多次，而尼奥是触发点，尼奥再锡安的世界也能使用超能力，说明这个世界也只是程序而已，包括他的眼睛瞎了后，依然能看到代码。机器需要自主进化升级，它不具备这个能力，人类具备，所以它要学习。
整个系列最重要的解释故事背景的片段，在第二部结尾，Neo进入Matrix世界的后台，见到了白胡子装逼西装程序员，他是Matrix世界的创造者，也就是人类思想的底层建造师，自称——造物主。在这里Neo得知了原来自己还有5个前辈，也就是之前的5次世界观迭代，他就是第6个救世主。
Neo之所以在这里，是因为整个人类系统存在不稳定的缺陷，每隔一段时间就会有人试图脱离Matrix，从而建立新的思想，而Neo身上有一段特殊的代码，通过自身的觉醒，再融入到Matrix世界，就能更新整个人类认知系统，达成新的平衡。
黑客帝国4锡安发生了什么
黑客帝国4锡安虽然被发现但是没有被毁，因为锡安就是机器建的，所以机器一直就知道锡安在哪。锡安没被毁是因为没到母体升级的时候，第三部最后结尾要毁灭锡安就是因为到时候了，Neo应该带着异常代码回归源代码了，母体应该进行下一次升级了。
《黑客帝国》是由华纳兄弟公司发行的系列动作片，该片由沃卓斯基兄弟执导，基努·里维斯、凯莉·安妮·莫斯、劳伦斯·菲什伯恩等主演。影片已上映的有三部，为《黑客帝国》、《黑客帝国2：重装上阵》、《黑客帝国3：矩阵革命》。
总体评价
《黑客帝国》系列看起来很有禅理，可惜的是，导演在第一集中开了个绝佳的好头，却并没能把这部影片的二、三集拍得犹如佛陀手中的六道轮回般玄妙无方。
到第二集时，故事已经开始无法自圆其说了，到第三集就更力不从心，导演已经不知道怎样在讲清这么一套复杂的理论的同时又能照顾到电影的商业性了，于是只好拍了一部与前两集风格迥然不同的怪胎电影出来，把禅机和大成本特技生硬地捏到一起。
以上内容参考 百度百科-黑客帝国